کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "Microbial Bioconversion of Agricultural Wastes for Rural Sanitation and Soil Carbon Enrichment"
   Hassan Etesami, arash hemati, Hoseinali Alikhani
   Springer, 2019,
2. "Halotolerant Plant Growth-Promoting Fungi and Bacteria as an Alternative Strategy for Improving Nutrient Availability to Salinity-Stressed Crop Plants"
   Hassan Etesami, Hoseinali Alikhani
   Springer, 2019,
3. "ریزوبیا، باکتری های محرک رشد گیاه(PGPR)"
   حسینعلی علیخانی، غلامرضا صالحی جوزانی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1396،
4. "Biodegradation and Bioremediation"
   Hassan Etesami, Hoseinali Alikhani
   Studium Press LLC, U.S.A., United States Of America (USA), 2017,
5. "هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای، آلایندگی و زیست پالایی در خاک"
   حسینعلی علیخانی، سمیه اسکندری
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1395،
6. "کاربرد قارچ های میکوریزا در کشاورزی پایدار و خاک های شور و خشک"
   محمد جواد زارع، حسینعلی علیخانی، ابراهیم محمدی گل تپه، امیر قلاوند
   انتشارات جهاد دانشگاهی، ایران، 1393،
7. "روش های کاربردی آزمایشگاه بیولوژی خاک"
   حسینعلی علیخانی، ایرج اله دادی، مهدی رشتبری، بهنام رجب پور
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1393،
8. "Bacterial Metabolism in Sustanible Agroecosystem"
   Hassan Etesami, Hoseinali Alikhani, Hosein Mir Seyed Hoseini
   Spiringer, Switzerland, 2015,
9. "ریزوبیا-باکتری محرک رشد گیاه"
   حسینعلی علیخانی، ایرج اله دادی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1392،

کتابهای ترجمه ای

1. "بیولوژی خاک با رویکرد جوامع و اکوسیستم"
   حسینعلی علیخانی، بهنام رجب پور، سمانه امان آبادی
   انتشارات جهاد دانشگاهی، 1392،
2. "اکوفیزیولوژی گیاهی - اکوفیزیولوژی برهمکنش های فسفر و گیاه"
   حسینعلی علیخانی، غلامعباس اکبری، مهدی قورچیانی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1392،
3. "میکوریزی: کشاورزی و جنگل کاری پایدار"
   حسینعلی علیخانی، مهدی قورچیانی
   جهاد دانشگاهی تهران، 1391،
4. "میکروبیولوژی خاک: ریزموجودات و رشد گیاهان"
   غلامعباس اکبری، ایرج اله دادی، شهریار دشتی ، حسینعلی علیخانی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1391،
5. "پرورش کرم های مولد ورمی کمپوست و کشاورزی پایدار"
   حسینعلی علیخانی
   انتشارات آییژ، 1386،
6. "شناسایی و جداسازی قارچ های خاکزی"
   حسینعلی علیخانی، لیلا محمدی
   سازمان جهاد دانشگاهی، 1386،
7. "تولید ورمی کمپوست برای کشاورزی پایدار"
   حسینعلی علیخانی، غلامرضا ثواقبی فیروزآبادی
   سازمان انتشارات جهاد دانشگاهی، 1385،