کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "Sustainable Agrobiology"
   Hoseinali Alikhani, Somayeh Emami, Vida Kardgar
   springer, 2023,
2. "Sustainable Agrobiology"
   Hoseinali Alikhani, Somayeh Emami, Vida Kardgar
   Springer, 2023,
3. "ریزوبیا، باکتری های محرک رشد گیاه(PGPR)"
   حسینعلی علیخانی، غلامرضا صالحی جوزانی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1396،
4. "هیدروکربن های آروماتیک چند حلقه ای، آلایندگی و زیست پالایی در خاک"
   حسینعلی علیخانی، سمیه اسکندری
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1395،
5. "کاربرد قارچ های میکوریزا در کشاورزی پایدار و خاک های شور و خشک"
   محمد جواد زارع، حسینعلی علیخانی، ابراهیم محمدی گل تپه، امیر قلاوند
   انتشارات جهاد دانشگاهی، ایران، 1393،
6. "Bacterial Metabolism in Sustanible Agroecosystem"
   Hassan Etesami, Hoseinali Alikhani, Hosein Mir Seyed Hoseini
   Spiringer, Switzerland, 2015,
7. "ریزوبیا-باکتری محرک رشد گیاه"
   حسینعلی علیخانی، ایرج اله دادی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1392،

کتابهای ترجمه ای

1. "بیولوژی خاک با رویکرد جوامع و اکوسیستم"
   حسینعلی علیخانی، بهنام رجب پور، سمانه امان آبادی
   انتشارات جهاد دانشگاهی، 1392،
2. "اکوفیزیولوژی گیاهی - اکوفیزیولوژی برهمکنش های فسفر و گیاه"
   حسینعلی علیخانی، غلامعباس اکبری، مهدی قورچیانی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1392،
3. "میکوریزی: کشاورزی و جنگل کاری پایدار"
   حسینعلی علیخانی، مهدی قورچیانی
   جهاد دانشگاهی تهران، 1391،
4. "میکروبیولوژی خاک: ریزموجودات و رشد گیاهان"
   غلامعباس اکبری، ایرج اله دادی، شهریار دشتی ، حسینعلی علیخانی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1391،
5. "نقش کرم های خاکی در کشاورزی"
   حسینعلی علیخانی، محمد معز اردلان ، لیلی محمدی
   سازمان انتشارات جهاد دانشگاهی، 1388،
6. "پرورش کرم های مولد ورمی کمپوست و کشاورزی پایدار"
   حسینعلی علیخانی
   انتشارات آییژ، 1386،
7. "شناسایی و جداسازی قارچ های خاکزی"
   حسینعلی علیخانی، لیلا محمدی
   سازمان جهاد دانشگاهی، 1386،
8. "تولید ورمی کمپوست برای کشاورزی پایدار"
   حسینعلی علیخانی، غلامرضا ثواقبی فیروزآبادی
   سازمان انتشارات جهاد دانشگاهی، 1385،