کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "روابط خاک و گیاه، آمار و آنالیز(جلد اول)"
   محمد جعفری، مسلم رستم پور
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1398،
2. "روابط خاک و گیاه، آمار و آنالیز(جلد دوم)"
   محمد جعفری، مسلم رستم پور
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1398،
3. "Reclamation of Arid Lands"
   Mohammad Jafari, Ali Tavili, فاطمه پناهی, Ehsan Zand Esfahani, مجید قربانی
   Springer, Germany, 2017,
4. "ترسیب و ذخیره کربن در زیست بوم های خشک و بیابانی"
   حسین آذرنیوند، محمد جعفری، محمد طهمورث، نصرت اله ضرغام
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1396،
5. "مبارزه بیولوژیک با فرسایش خاک"
   محمد جعفری، محمد طهمورث ، جمال قدوسی
   انتشارات دانشگاه تهران، 1390،
6. "تخریب خاک و اراضی"
   محمد جعفری، مسعود نصری ، علی طویلی
   دانشگاه تهران، 1390،
7. "احیای مناطق خشک. و بیابانی"
   محمد جعفری، علی طویلی
   انتشارات دانشگاه تهران، 1389،
8. "مدیریت خاک"
   محمد جعفری، محمد طهمورث ، آرش ملکیان
   انتشارات دانشگاه تهران، 1388،
9. "احیای مناطق خشک و بیابانی"
   محمد جعفری، علی طویلی
   انتشارات دانشگاه تهران، 1385،

کتابهای ترجمه ای

1. "فیزیک ماسه های بادی و بیابان های ماسه ای"
   سلمان زارع، محمد جعفری، رضا خلیل ارجمندی
   انتشارات جهاد دانشگاهی، 1400،
2. "امنیت خاک برای مدیریت اکوسیستم"
   حبیب یزدانشناس، محمد جعفری
   اتکا، ایران، 1397،
3. "فرهنگ لغات تخصصی مرتع و چراگاه"
   محمد جعفری، شهرام یوسفی خانقاه، حسین ارزانی، سید اکبر جوادی، حسین مرادی
   دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات، ایران، 1397،
4. "لاشبرگ گیاهی، تجزیه، تشکیل هوموس، ترسیب کربن"
   محمد جعفری، فرج الله ترنیان ، شهلا قادری اغجه مسجد، وحیده عبدالهی، مرتضی صابری
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1396،
5. "ماسه بادی و تپه های ماسه ای"
   محمد جعفری، سلمان زارع، رضا خلیل ارجمندی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1395،
6. "گیاه پالایی در خاک های آلوده به فلز"
   محمد جعفری، مهدیه ابراهیمی ، فهیمه عرب
   آینده دانش، ایران، 1395،
7. "ارزیابی و اصلاح شوری خاک"
   محمد جعفری، فاطمه پناهی ، مجید قربانی
   سخنوران، ایران، 1395،
8. "مقابله با بیابان زایی و تخریب اراضی"
   محمد جعفری، فاطمه نقی زاده اصل
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1394،
9. "تولید انرژی از مناطق بیابانی"
   محمد جعفری، مسعود جعفری شلمزاری، مهدی اشجعی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1392،
10. "خواص و مدیریت خاکها"
    محمد جعفری، فاطمه پناهی
    انتشارات دانشگاه تهران، 1390،
11. "کاربری زمین و منابع خاک."
    مجید کریم پورریحان، محمد جعفری، رضا خلیل ارجمندی ، طیبه مصباح زاده، محمد کیا کیانیان
    انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1390،
12. "مرتعکاری در شوره زار"
    محمد جعفری، محمدرضا جوادی ، فریناز همدانیان ، مهدی قربانی
    انتشارات دانشگاه تهران، 1390،
13. "راهنمای خاک"
    محمد جعفری، مهدیه ابراهیمی ، زهره خورسندی ، محمد طهمورث ، اکبر جوادی
    انتشارات دانشگاه تهران، 1390،
14. "راهنمای اصلاح و احیای اراضی خشک و بیابانی"
    محمد جعفری، محمد طهمورث ، آرش ملکیان
    انتشارات دانشگاه تهران، 1389،
15. "روند تخریب اراضی در استرالیا"
    محمد جعفری، رضا خلیل ارجمندی ، محمد طهمورث
    انتشارات دانشگاه تهران، 1388،