عنوان رشته گیاهپزشکی درعلوم کشاورزی واژه جدیدی است که از سال 1342، به ویژه در دانشگاه ها و موسسات عالی آموزشی جانشین دفع آفات و حفاظت گیاهان شده است. بررسی برنامه های آموزشی نخستین مدرسه کشاورزی ایران یعنی دبستان فلاحت مظفری نشان می دهد که از بدو تاسیس این مدرسه 1278-1306 ه ش. هیچ یک از دروس مربوط به گیاهپزشکی به طور مستقل تدریس نمی شده است و به احتمال زیاد مواد درسی این رشته در قالب دیگر دروس کشاورزی ارائه می شده است. تدریس دروس حشره شناسی و دفع آفات و جانورشناسی از سال 1306 به وسیله مرحوم جلال افشار در مدرسه عالی فلاحت و صنایع روستایی آغاز شد. با همین درس بیماری های گیاهی که جزء دروس گیاه پزشکی امروزی است به وسیله مهندس تاج بخش در این مدرسه تدریس می شده است. تدریس بیماری های گیاهی از سال 1312-1381 به وسیله مهندس فرشی و از سال 1319-1324 به وسیله دکتر اسفندیاری انجام می شده است. تدریس دروس دفع آفات در مدرسه عالی فلاحت از سال 1314 بع عهده مهندس علام عباس دواچی گذاشته شد و آموزش جانور شناسی و حشره شناسی همچنان به عهده جلال افشار بود و این روال تا سال 1334، که دوره تحصیل در دانشکده کشاورزی سه سال بود، ادامه داشته است. در سال 1333 دوره تخصصی یک ساله دفع آفات گیاهی به وجود آمد که به فارغ التحصیلان این دوره مدرک فوق لیسانس اعطا می گردید. رشته فوق لیسانس از سال 1336 در دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران تاسیس شد. در سال 1352 رشته گیاهپزشکی شامل دو رشته حشره شناسی و بیماری شناسی گیاهی بود که این روش همچنان تا به امروز ادامه دارد. دوره دکتری گیاهپزشکی در سال 1352 در دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران برای نخستین بار تاسیس گردید که در دو رشته حشره شناسی کشاورزی و بیماری شناسی فعالیت می کند.