کتابهای تألیفی و تصنیفی

1. "راهبرد بیوانفورماتیک در مطالعات اومیکس گیاهی"
   محمدرضا نقوی، آرش مختاری
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1402،
2. "ذخایر توارثی گیاهی"
   محمد جعفر آقایی، محمدرضا نقوی، شاهین واعظی
   مرکز نشر دانشگاهی، ایران، 1392،
3. "بیوانفورماتیک"
   محمدرضا نقوی، محمدعلی ملبوبی ، سجاد رشیدی منفرد
   انتشارات دانشگاه تهران، 1388،
4. "نشانگرهای مولکولی"
   محمدرضا نقوی، بهزاد قره یاضی ، قاسم حسینی سالکده
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1384،

کتابهای ترجمه ای

1. "دانشنامه مهندسی کشاورزی، غذا و زیستی"
   سیدمحمدعلی ابراهیم زاده موسوی، زهرا امام جمعه، سیدهادی رضوی، جواد فرهودی، علیرضا کیهانی، سیدسعید محتسبی، محمد مرادی شهربابک، محمدرضا نقوی
   بنیاد دانشنامه نگاری ایران، ایران، 1395،
2. "بیوتکنولوژی گیاهان دارویی"
   محمدرضا نقوی، الیاس آریاکیا، جابر نصیری
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1394،
3. "مقدمه ای بر بیوتکنولوژی"
   محمدرضا نقوی، محمد طاهر حلاجیان ، فریبا ابویی مهریزی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1391،
4. "مطالعه ژنوم و پروتئوم گیاه"
   محمد اسماعیل حسنی، سیدعلیرضا سلامی، محسن ابراهیمی، محمدرضا نقوی
   انتشارات دانشگاه تهران، 1391،
5. "نشانگرهای مولکولی در ژنتیک و بیوتکنولوژی گیاهی"
   حسن سلطانلو ، محمدرضا نقوی، سید محمدمهدی مرتضویان
   1388،
6. "تجزیه داده های ریزآرایه DNA"
   محمدرضا نقوی، حسینعلی رامشینی
   انتشارات نقش مهر، 1385،
7. "اصول توالی یابی DNA"
   محمدرضا نقوی، امیر موسوی
   جهان رایانه، ایران، 1382،
8. "ژنتیک کمی کاربردی"
   محمدرضا بی همتا، محمدرضا نقوی
   انتشارات دانشگاه تهران، ایران، 1381،